एनएससी सचिवालय लेवल-4, ईस्ट ब्लॉक-6, सेक्टर-1, आरके पुरम, नई दिल्ली -110066 में स्थित है । आयोग को अपने कार्यों के निर्वहन में सहायता प्रदान करने में आयोग के सचिव का समर्थन करने के लिए, एक लघु सचिवालय बनाया गया है जिसमें एक उप महानिदेशक और एक निदेशक के साथ अन्य सहायक कर्मचारी शामिल हैं।